Taikatyttöjen, Puella Magien, kohtalo on taistella noitia vastaan, jotka tuhoavat kaiken ympärillään istuttamalla epätoivon siemeniä maailmaan. Lopulta taikatytöt itsessään muuttuvat näiksi noidiksi. Tämä hirveä sykli on toistunut niin monta kertaa, että se johti Madoka Kanamen uhraukseen, joka johtaa uuteen
Maailman järjestykseen. Kuitenkin, Puella Magien taistelun on jatkuttava. Tämä tapahtuu vastikkeena Madokan luomaan ihmeeseen.
Pystymättä unohtamaan Madokan uhrausta, Homura Akemi jatkaa taisteluaan yksin tässä uudessa maailmassa, jonka hän loi... hänen tunteensa synnyttävät uuden tarinan... Madoka Kaname, tyttö, joka kerran oli uuden syklien lain perusta, ja Sayaka Miki, tyttö, joka kerran menetti elämänsä, kun hänen taikavoimansa ehtyi, molemmat ilmestyvät Homuran eteen.
Mikä on näiden kahden tytön, joiden ei pitäisi enää olla olemassa, ilmestymisen merkitys? Onko Nagisa Momoe, uusi epävarman näköinen Puella Magi, totuuden avain? Ja mikä on uusi vihollinen, joka uhkaa Jumalan järjestystä ja maailmaamme?