Vuonna 1972 Misaki, Yomiyama North Middle Schoolin 3-3 luokan opiskelija, kuoli yllättäen kesken lukukauden. Hänen kuolemansa järkyttäminä hänen luokkatoverinsa ja opettajansa jatkoivat toimintaansa niin kuin hän olisi yhä elossa. Tämä jatkui niin pitkään, että jopa valmistujaiskuvassa saattoi nähdä hänen läsnäolonsa.
Keväällä 1998 15-vuotias poika nimeltä Koichi Sakakibara siirretään samaan luokkaan, ja hän tapaa Mei Misakin, erittäin oudon tytön, jota sekä hänen opettajansa että luokkatoverinsa välttelevät.
Yhtäkkiä luokan oppilaita rupeaa kuolemaan yksi toisensa jälkeen.
Koichi ja Mei huomaavat, että nämä kuolemat liittyvät Misakin menehtymiseen vuonna 1972 ja päättävät selvittää, mikä ne aiheuttaa ja kuinka ne voidaan pysäyttää ennen kuin heistä tulee seuraavat uhrit.